Academic Englishは選択履修なので、1回目のガイダンスに出ていない（ガイダンスに行ったクラスで登録できなかった）場合がでてきてしまいそうなのですが、何か見落としている点があるのでしょうか？

1回目のガイダンスに出ていない場合->シラバスからよさそうな教室を選んで履修登録してください。Practical Englishのクラスによって選べるクラスが異なることに注意。
ガイダンスに行ったクラスで登録できなかった->先着順ですし、人気に偏りが出た場合、ガイダンスに行ったクラスで登録できないというケースはあり得ます。ガイダンスは選べるいくつかのクラスをたらい回しされる感じですが、それでも時間の都合上ガイダンスを受けれないクラスがあり、かつガイダンスを受けたいくつかのクラスがすべて人気で埋まってしまった、という事例は十分あり得ます（そもそもこういうケースもなかなかないですが）。その場合もシラバスを見てください。
見落としている点はあるか？->過去の質問でAcademic Englishのガイダンスの形式について答えています。参考までに。