出席はとらない授業について、ガイダンス、第1回の授業に参加していないのですが、履修登録をして第2回の授業から参加しても大丈夫ですか？

大丈夫だと思います。
第2週から受講を始めることは、本学の履修登録制度的に十分あり得る立ち回りですし、先着順登録が絡む教養の授業ではよくあることです。
どうしても不安であれば、担当の先生にメールで相談してみるのもアリです。
（担当者は学部1年後期に先着順登録で敗北し、担当の先生に「先着順登録に失敗し履修計画が変わったため、2週目から受講することは可能か(実際はもっと丁寧な文章で)」とメールで尋ねたとろ、全く問題ないとお返事をいただき、ホッとしたことがあります。）