感染症でない体調不良の場合、欠席連絡を入れたら欠席にならないとかありますか？それとも1欠扱いですか？

大学の制度上は病気も私用も休めば須く欠席扱いです。
(コロナによる欠席が認められたのは蔓延防止の為の特例です。)

ただ実情は先生によって対応が異なります。事情を伝えれば出席扱いにしてくださる先生もいらっしゃいますし、
そもそも4欠まで評価対象になる理由は病欠の場合を踏まえての制度だ、という考えで欠席扱いにする先生もいらっしゃいます。（正しい対応なんですけどね）

先生も人間ですので、多くは前者です。
「39°Cの熱が出てコロナやインフルを疑った」「起立性低血圧を持っていて変に動くと倒れてしまう」とかのっぴきならない事情があって配慮して欲しいんだ、ときちんと主張すれば配慮していただけると思いますよ。勿論ダメな場合はダメですが。

先生の温度感にも依りますが、配慮していただけそうな方なら事後でもいいので連絡してみては如何でしょうか。

勿論、基本は欠席したら連絡してくださいね。ゼミとか少人数の授業だったり、発表を受け持ってたりしたら特に。いちいちメール確認してられないから欠席連絡は不要、という授業の方が稀です。

回答が24時間以内に出来ず申し訳ありません。
お大事になさってくださいね。